"Дмитрий Вольвач отметил, что декларация достаточно простая, но принимается только на бумаге. Как пояснил представитель ФНС России, это связано с сохранением налоговой тайны: «Уровень защиты информации высокий, и круг людей, допущенных к этой информации, гораздо уже, чем тех сотрудников Налоговой службы, которые допущены к информации в обычных налоговых декларациях»."

Я чуть не поперхнулся, потому что обычно Дмитрий Валерьевич явной ерунды не говорит.
На всякий случай напоминаю, что он начальник Управления международного сотрудничества и валютного контроля, которое, в том числе, занимается организацией обмена налоговой информацией с налоговыми службами других стран.
Или этот обмен тоже в бумаге организован?!

Если вы представляете декларацию на бумаге, то её увидят минимум три человека:
- сотрудник отдела по работе с налогоплательщиками, который у вас её примет;
- сотрудник отдела ввода, который будет вносить данные декларации в БД;
- и еще один сотрудник, который будет проверять её данные.

Если вы представляете декларацию в электронном виде, то её увидит только тот, кто будет её проверять. Точка.
Это не говоря уже о том, что она не потеряется и в её данные гарантированно не будет внесено искажений.

Скорее всего проблема связана с необходимостью обеспечения лиц, подающих эти декларации, квалифицированной электронной подписью. Что стоит денег, а взять эти расходы на себя ФНС не может.